Քանաքեռի Ս. Հակոբ եկեղեցին կառուցվել է 1679թ. երկրաշարժի ժամանակ կործանված եկեղեցու տեղում, թիֆլիսաբնակ քանաքեռցի մեծահարուստ Հակոբջանի միջոցներով: Ս. Հակոբ եկեղեցու արևմտյան պատին փորագրված է ՌՃԽԴ /1144/, որն էլ համարվում է եկեղեցու կառուցման տարեթիվը: Ս. Հակոբ եկեղեցին թեմական եկեղեցի էր: 1868թ. եկեղեցուն կից սկսել է գործել Ս. Սահակ Պարթևի անվան թեմական դպրոցը, որը հւիմնվել էր Մեսրոպ Վարդապետ Սմբատյանցի ջանքերով: Ս. Հակոբ եկեղեցին եռանավ բազիլիկ է` աղոթասրահում երկու զույգ մույթերով, արևելյան կողմից Ավագ Խորանով և դրան կից զույգ ավանդատներով: Եկեղեցու արևմտյան ճակատին տեղ-տեղ ագուցված են 1504, 1571, 1621 թվագրություններով գեղաքանդակ խաչքարեր:  Պատմական հուշարձանների պահպանության հայկական ընկերությունը պետական միջոցներով նորոգել է եկեղեցին:  1990թ. ի վեր Ս. Հակոբ եկեղեցին գործում է: